Le métabolisme secondaire est défini comme l’ensemble des voies permettant la synthèse de petites molécules, non essentielles mais pouvant procurer un avantage sélectif dans certaines conditions. Ces molécules sont appelées métabolites secondaires. Le métabolisme secondaire est généralement opposé au métabolisme primaire qui regroupe l’ensemble des voies cataboliques et anaboliques indispensables à la survie et à la reproduction de la cellule. Il existe une grande variété de métabolites secondaires pouvant avoir des structures chimiques diverses et complexes et de très nombreuses activités biologiques. Ils sont souvent synthétisés après la phase de croissance quand des stress de différentes natures commencent à s’exercer.
